ГУМРФ имени адмирала С.О. Макарова - отраслевой вертикально интегрированный научно-образовательный комплекс, в котором реализуются программы высшего, среднего профессионального и дополнительного профессионального образования, осуществляется подготовка научных кадров в аспирантуре. В университете проводятся научные исследования по актуальным направлениям развития транспортной отрасли, а именно исследование Северного морского пути; безэкипажное судовождение; тренажерное и математическое моделирование судоходства; научное сопровождение инновационных отраслевых проектов в области морского и внутреннего водного транспорта.